Po instalaci přidá aplikace Kaspersky Endpoint Security certifikát Kaspersky do systémového úložiště důvěryhodných certifikátů (úložiště certifikátů systému Windows). Kaspersky Endpoint Security používá tento certifikát ke kontrole šifrovaného připojení. Aplikace Kaspersky Endpoint Security také zahrnuje použití systémového úložiště důvěryhodných certifikátů v prohlížečích Firefox a Thunderbird ke kontrole provozu těchto aplikací.
Součásti Kontrola webu, Ochrana před hrozbami v poště a Ochrana před webovými hrozbami mohou dešifrovat a kontrolovat síťový provoz přenášený pomocí šifrovaných připojení prostřednictvím následujících protokolů: